关于离职后公休日加班工资被扣是否合理，可依据法律明确：《中华人民共和国劳动法》第四十四条规定“休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬”。若您离职后被扣公休日加班工资，由于双方平常均认可该加班事实及工资支付标准，用人单位以此为由扣除，不符合上述法律规定，该行为无法律依据且不合法，您有权要求补发。
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离职后公休日加班工资被扣，需注意以下法律风险：1、诉讼时效风险：若未在法定时效内维权，可能丧失胜诉权（如2023年1月离职发现被扣，2024年2月才申请仲裁，已超一年时效，仲裁委可能驳回，无法通过法律追回）；2、证据链风险：缺乏完整证据（如仅口头陈述无考勤、工资条等书面材料），用人单位否认时，因证据不足可能维权失败，无法追回被扣工资。
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处理离职后公休日加班工资被扣问题时，存在以下特殊情形影响结果：1、用人单位能证明公休日加班工资已包含在工资中且双方有明确约定（如劳动合同或书面文件约定，实际工资不低于当地最低工资及扣除加班费后的正常工资水平），可能被认定为已支付，您的补发请求可能不被支持；2、劳动者自愿放弃公休日加班工资的书面声明（真实意思表示，无欺诈、胁迫），可能影响您的主张，仲裁或法院可能据此认定您放弃权利；3、实行不定时工时制度且经劳动行政部门批准（依据《工资支付暂行规定》第十三条），用人单位不支付公休日加班工资不违法，您的主张可能无法得到支持。
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离职后被扣公休日加班工资属于违法行为，您有权要求补发：若用人单位以“离职”为由扣除，违反法律规定；若用人单位主张“公休日加班已安排补休”但未实际安排，您仍有权要求按工资百分之二百标准支付；若劳动合同约定“离职不结算公休日加班工资”，该条款因违反法律强制性规定无效，您仍可主张。

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